La formació del nucli no està gaire clara, ja que no tenim cap document, però si moltes hipòtesis:
Poble format després de la restauració cristiana, a l’edat mitjana, l’any 1148 el compte Ramon Berenguer s’assignà aquesta rodalia com a indret de cacera.

El 1182 el terme de Prat de Comte passà a formar part de la comanda d’Orta.
Hi ha diverses hipòtesis sobre l’origen del topònim, una és la del Prat donat pel comte.
Hom també creu que el nom podria venir de Prat del Compte, ja que per la seua situació podria ser una de les entrades dintre de la comanda d’Orta on probablement s’hauria de pagar.

El 1260 l’ordre del Temple atorga una carta de població pel terme de Prat de comte.
Posteriorment es formà la vila, a mitjan segle XIV, formava part de la comanda d’Orta, de l’ordre de l’hospital, és la informació més segura que hi ha sobre els orígens de la vila.

Les primeres dades de població (pratdecomitis) són un fogatjament de 1378 on hi havia 23 focs. Unes altres són les de 1553 on n’havien 51.

Al 1640 fou saquejat pels francesos, llavors aliats dels catalans, es robaren les joies i els ornaments de l’església.

Durant la primera guerra Carlina, el general Cabrera derrotà a Prat a la columna d’Aspiroz, l’agost de 1835; el desembre del mateix any els carlistes foren vençuts per les forces de Serrador i Torner.

Abans de 1909 el poble es coneix com a Prat de Tortosa perquè formava part del terme de Tortosa. D’aquesta data són trobats el primers documents on es denomina ja Prat de Comte, Prati Comitis.

Durant la guerra civil l’església fou novament saquejada, la part més afectada fou el retaule de fusta situat a l’altar major, el qual fou cremat junt a la resta de sants.

El poble quedà molt afectat amb el pas de la guerra civil, les cases foren ocupades pels soldats i la població fou tancada en corrals i presons, la majoria dels habitants tenen presents aquells dies a la memòria.

El 1718 la població era de 85 habitants i el 1850 de 312 habitants, era al 1860 quan n’havien 559 i al 1900 quan la població arribà al seu sostre demogràfic amb 896, la guerra civil i la postguerra són les etapes on es percep la forta davallada demogràfica, amb una recuperació parcial caps als anys 40-50 amb uns cinc-cents habitants. Els dos factors que han influït d’una manera més notable en el seu despoblament han estat les conseqüències de la guerra civil i la forta migració dels anys 60. Aquests dos factors van incidir tan negativament que la població encara no s’ha recuperat.

Abans de la normalització lingüística s’escrivia amb “p”, o sigui Prat de compte, la normalització va ser a causa de la troballa d’un document on apareixia el nom del poble com pratum comitis, el que significaria Prat del Comte.

Econòmicament, ha estat de notable importància el barranc dels Corralassos ja que s’han aprofitat les aigües per conrear-hi. Prat de Comte sempre ha estat el poble més pobre de la comarca, ja que el seu terme és petit i molt pedregós, i les terres més riques són gairebé totes concentrades entre pocs propietaris que han optat per no vendre-les.

La ramaderia ha tingut una certa incidència, actualment hi ha quatre granges dedicades a la cria d’aviram en funcionament i a la de conills.